บริเวณเขตจอมทองเดิมเป็นพื้นที่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของอำเภอบางขุนเทียน จังหวัดธนบุรี ซึ่งบริเวณนี้ต่อมามีชุมชนหนาแน่นและมีความเจริญขึ้น เนื่องจากเป็นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอ มีทั้งคลอง ถนน และเส้นทางรถไฟตัดผ่าน ทางราชการจึงได้จัดตั้งเทศบาลนครธนบุรีขึ้นในปี พ.ศ. 2479 โดยให้ตำบลบางค้ออยู่ในท้องที่ด้วย และตั้งสุขาภิบาลบางขุนเทียนขึ้นในพื้นที่บางส่วนของตำบลบางขุนเทียนและตำบลบางมดในปี พ.ศ. 2508 ซึ่ง ตำบลจอมทอง ก็ได้รับการจัดตั้งขึ้นในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2513 โดยโอนพื้นที่ 11 หมู่บ้านทางตอนเหนือของตำบลบางมดออกมา

ต่อมาได้มีการยุบรวมจังหวัดธนบุรีและจังหวัดพระนคร เปลี่ยนฐานะเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรี และเปลี่ยนเป็นกรุงเทพมหานคร ยกเลิกการเรียกชื่อตำบลและอำเภอแบบเดิม ตำบลจอมทองจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น แขวงจอมทอง และอยู่ในเขตการปกครองของสำนักงานเขตบางขุนเทียน จนกระทั่งในวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 จึงได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทยจัดตั้ง เขตจอมทอง ขึ้น โดยแบ่งพื้นที่เขตบางขุนเทียนออกมา 4 แขวง

ต่อมาในวันที่ 18 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 เขตจอมทองได้รับพื้นที่บางส่วนของแขวงบางปะกอก เขตราษฎร์บูรณะ และแขวงบุคคโล เขตธนบุรี มาเป็นพื้นที่ปกครองของทางสำนักงานเขต ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง เปลี่ยนแปลงพื้นที่เขตธนบุรี เขตจอมทอง เขตราษฎร์บูรณะ และตั้งเขตทุ่งครุ กรุงเทพมหานคร ซึ่งอยู่ในช่วงจัดพื้นที่การบริหารในกรุงเทพมหานครใหม่ โดยแบ่งพื้นที่เขตการปกครองจากเดิม 38 เขตเป็น 50 เขต

ที่ตั้งและอาณาเขต

ตั้งอยู่บริเวณทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยาหรือฝั่งธนบุรี มีอาณาเขตติดต่อกับพื้นที่การปกครองต่าง ๆ เรียงตามเข็มนาฬิกาดังนี้

ทิศเหนือ ติดต่อกับเขตภาษีเจริญและเขตธนบุรี มีลำรางสาธารณะ คลองบางประทุน คลองตาฉ่ำ คลองรางบัว คลองสวนหลวงใต้ คลองบางหว้า คลองวัดโคนอน (คลองวัดอ่างแก้ว) คลองตาม่วง คลองวัดนางชี (คลองวัดเพลง) คลองด่าน คลองวัดใหม่ยายนุ้ย 1 (คลองศาลเจ้าต้นโพธิ์) และคลองแยกบางสะแก 13 เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตธนบุรีและเขตราษฎร์บูรณะ มีคลองบางสะแก คลองดาวคะนอง และถนนสุขสวัสดิ์เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศใต้ ติดต่อกับเขตราษฎร์บูรณะ เขตทุ่งครุ และเขตบางขุนเทียน มีคลองบางปะแก้ว คลองยายจำปี คลองกอไผ่ขวด ลำรางสาธารณะ คลองบางมด คลองตาสุก และคลองบัว (คลองตาเปล่ง) เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตบางขุนเทียน เขตบางบอน และเขตภาษีเจริญ มีคลองวัดกก คลองสนามชัย คลองวัดสิงห์ และคลองบางระแนะเป็นเส้นแบ่งเขต

ที่มาของชื่อเขต

มาจากชื่อวัดจอมทอง ซึ่งบางครั้งก็เรียกว่าวัดเจ้าทอง บ้างก็ว่าวัดกองทอง นักวิชาการสันนิษฐานว่าวัดนี้เป็นวัดที่สร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยา รัชสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง ปัจจุบันวัดจอมทองมีชื่ออย่างเป็นทางการว่าวัดราชโอรสารามราชวรวิหาร